Das Institut für Physik der Atmosphäre kooperiert mit anderen DLR-Instituten, HGF-Einrichtungen, Universitätsinstituten, Behörden (z.B. Wetterdiensten) und Unternehmen der freien Wirtschaft auf nationaler, europäischer und internationaler Ebene. Die Zusammenarbeit findet entweder befristet im Rahmen von Projekten oder langfristig auf Grund bilateraler Vereinbarungen statt.